Intorno al concetto di mediazione si vengono a creare quelle distinzioni che riguardano la funzione e la struttura ecclesiastica della chiesa, che ho posto in una separata sezione per non fare troppa confusione.
Il Ruolo e la struttura della Chiesa. I concetti sopra esposti portano ad una diversa comprensione della ruolo della Chiesa e della sua struttura. Il protestantesimo, infatti pone l'accento sulla grazia che ci viene donata in Gesù Cristo, una grazia a noi estranea, che ci viene incontro nella Parola predicata. La Chiesa, per noi protestanti, è chiamata ad annunciare la parola di Dio e non ad amministrare e trasmettere la grazia di Dio attraverso i sacramenti e la struttura della Chiesa. Nel cattolicesimo infatti la chiesa è presente dove c'è il vescovo, mentre per i protestanti la chiesa è presente dove vi sono delle persone che invocano il nome di Dio in Gesù Cristo: "Poiché dove due o tre sono riuniti nel mio nome, lì sono io in mezzo a loro" dice Gesù (Matteo 18, 20). Non è un caso che il protestantesimo abbia messo l'accento su quello che viene chiamato sacerdozio universale ossia sul fatto che tutti sono chiamati a testimoniare l'evangelo, e quindi, su un piano spirituale vi è uguaglianza fra tutti: fratelli e sorelle. Nel protestantesimo, infatti, c'è la figura del pastore e non quella del prete, una differenza che non si esaurisce semplicemente nella differenza dei termini, ma che esprime anche il ruolo differente delle due figure. Il pastore è un laico che ha delle conoscenze bibliche che mette a disposizione della propria comunità; il sacerdote, o prete che dir si voglia, è un mediatore tra Dio e gli uomini, tanto è vero che può perdonare i peccati di una persona durante la confessione. Noi protestanti confessiamo le nostre mancanze, i nostri peccati, a Dio durante il nostro culto domenicale, perché riteniamo che soltanto in Gesù Cristo ci viene donato il perdono dei nostri peccati senza mediazione di alcun essere umano. Proprio questo ruolo di unico mediatore rappresentato da Cristo ed il concetto di sacerdozio universale, ci porta a rifiutare, sul piano ecclesiastico, la figura del papa come "vicario di Cristo" ossia il rappresentate di Gesù sulla terra, e il suo primato che si fonderebbe sulla parola di Gesù: "Tu sei Pietro, e su questa pietra edificherò la mia chiesa" (Matteo 16, 18). Queste parole per noi vogliono dire che Pietro sarà il primo a predicare la nuova fede (Atti 2, 14-35) e non che avrà un comando speciale all'interno della chiesa (come dimostrano chiaramente le lettere apostoliche). La figura del papa come capo e guida della Chiesa cattolica si è andata a formare nel corso del tempo e non ha fondamento nell'Evangelo, essa può essere intesa nell'ambito di una particolare struttura ecclesiastica che non può rivendicare alcunché di divino.